Po 9 latach ponownie II liga

W sezonie 2003/2004 piłkarze Radomiaka zakończyli rozgrywki o mistrzostwo III ligi na drugim miejscu, tuż za MKS Mława. Dało to piłkarzom zielonych prawo gry w barażach o II ligę. Rywalem Radomiaka była drużyna Tłoków Gorzyce. W pierwszym meczu Radomiak pokonał Tłoki na własnym boisku 3:1. W rewanżu w Gorzycach do 86. minuty było 2:0 dla gospodarzy i sen o II lidze pryskał. Jednak skuteczna akcja Bogumiła Sobieski w 87. minucie dała Radomiakowi pod wodzą Jerzego Engela jr. awans do grona II-ligowców. Na zakończenie kolejnego sezonu Radomiakowi znów przyszło walczyć z Tłokami Gorzyce o II ligę. Tym razem role się jednak odwróciły i to Radomiak przystępował do tej rywalizacji z pozycji broniącego statusu drugoligowca. Sztuka ta radomianom się udała. Podopieczni Mieczysława Broniszewskiego w dwumeczu okazali się zespołem lepszym i pozostali na zapleczu ekstraklasy na kolejny sezon.

Po sezonie 2005/2006 Radomiak uplasował się na 14. miejscu w II lidze, które dawało prawo gry w barażach o utrzymanie na zapleczu ekstraklasy. W losowaniu par barażowych radomianom trafił się zespół zajmujący drugie miejsce w grupie trzeciej III ligi Odra Opole. Pierwszy mecz na wyjeździe Radomiak zremisował 1:1. Rewanż na własnym boisku, mimo ogromnej przewagi dla gospodarzy, zakończył się tym samym wynikiem. Dogrywka nie przyniosła rozstrzygnięcia. Rzuty karne zadecydowały, kto będzie w II lidze. Serię jedenastek lepiej egzekwowali gracze z Opola i to oni uzyskali awans do II ligi. Tak więc po dwóch sezonach gry na zapleczu ekstraklasy Radomiak ponownie "tuła" się na III ligowym froncie.